毛澤東發動文革首先要打倒誰？劉少奇、鄧小平等走資派？都不是，而是羅瑞卿，時任中共中央書記處書記、中央軍委常委兼秘書長、解放軍總參謀長、國務院副總理兼國防部副部長、國防工業辦公室主任集黨政軍大權於一身主持軍隊日常工作的羅瑞卿。
槍杆子里出政權，毛澤東從1927年參與中共武裝創建就深知槍杆子的重要性，1959年毛澤東聲稱要退居二線，在第二屆全國人大上將國家主席職務讓給了劉少奇，按照1954年《憲法》第四十二條“中華人民共和國主席統率全國武裝力量，擔任國防委員會主席”，劉少奇自動成為國防委員會主席。但毛澤東始終擔任中共中央軍委主席，掌握槍杆子。毛澤東要發動文革，首先要獲得的也是槍杆子的支持。
也是在1959年，主持中央軍委工作的軍委副主席兼國防部長彭德懷在廬山會議上被打倒，由毛澤東提名林彪出任中央軍委第一副主席、國務院副總理兼國防部長主持軍委工作。毛澤東爭取軍隊的支持，實際就是爭取林彪支持，因而有觀點認為打倒羅瑞卿是毛澤東與林彪的一場政治交易，中共官方的敘事中也將打倒羅瑞卿全部歸咎於林彪。
眾所周知，羅瑞卿曾與林彪長期共事，據林彪的女兒林豆豆回憶，兩家的關係也很好，1959年正是在林彪的提名下，時任公安部長的羅瑞卿才出任中央軍委秘書長、解放軍總參謀長、國防部副部長主持軍隊日常工作，協助林彪執掌軍權。而羅瑞卿與毛澤東關係同樣親密，其出任公安部首任部長負責中央安全保衛工作正是出自毛澤東的點將，因此被稱為毛澤東的“大警衛員”。羅瑞卿與毛澤東、林彪如此親密的關係，為何最終卻被拋棄？
公開資料顯示，林彪與羅瑞卿的矛盾在於軍隊中“突出政治”與“抓軍事訓練”的矛盾，林彪強調“突出政治”，羅瑞卿強調“抓軍事訓練”。此外，羅瑞卿在工作出現了攬權的問題，一些重要文件越過林彪直接向軍委彙報乃至直接作出決策。更深層次的矛盾在於，1962年林彪因身體原因修養后，由賀龍接替林彪主持軍委工作，羅瑞卿逐漸倒向賀龍，1964年舉行的全軍大比武，頗有些刻意強調軍事訓練以反對林彪“突出政治”的意味。
林彪所謂的“突出政治”，核心就是“活學活用毛主席著作……把毛主席的書當成全軍各項工作的‘最高指示’“，實際是一種助長毛澤東在軍隊中個人崇拜的行為。羅瑞卿反對林彪的”突出政治“，很難不讓毛澤東多想，更何況當時毛澤東名義上是退居二線，曾經的”大警衛員“在毛澤東退居二線后就不聽招呼了，極易被視為一種背叛。
更加嚴重的是，賀龍通常被認為屬於劉少奇、鄧小平一線，羅瑞卿的”背叛“更加被坐實。如果說這種”背叛“的感覺毛澤東、林彪都感同身受，無疑毛澤東的感受可能更加深刻。當毛澤東提出解決羅瑞卿問題時，林彪也就順水推舟了。
1959年林彪提名羅瑞卿出任中央軍委秘書長、解放軍總參謀長時，毛澤東曾對林說：“羅瑞卿渾身是刺，你不怕刺嗎？”羅瑞卿這渾身的刺不刺傷了毛澤東、林彪，也使一幫老帥們很受傷。
據邱會作回憶，1965年5月、6月間葉劍英、聶榮臻兩位軍委副主席曾在京西賓館談話，葉劍英稱“他（羅瑞卿）真是利令智昏了，人長、腳長、手也長！”聶榮臻答以“壞就壞在手長上！”6月葉劍英還曾借林彪之口說出了，“林總指出：長子這個人變了，可能是官大，權大，他一身從頭到腳都是官。他當總參謀長之初，還注意總參謀長的身份，現在是獨攬一切，他儼然是軍隊統帥了，把我和聶都不放在眼裡，劉帥、徐帥和你（葉）就更不在話下。”“長子同他的‘同盟’（指賀龍）已經搞起了一個圈子。”
1965年12月初，當葉劍英、蕭華、楊成武、劉志堅、謝富治到杭州向毛澤東彙報羅瑞卿的問題時，毛澤東答以：“霸道，我是可以想得到的，並同林彪同志說過，這個人渾身是刺；但有野心就是新問題了。”正式決定解決羅瑞卿的問題，“長子（羅瑞卿）的問題由中央來解決”。據邱會作回憶，在正式向毛澤東提出羅瑞卿問題時前，元帥“除了賀龍一個以外，對其他元帥，葉帥該‘打招呼’都打到了。聽‘打招呼’的人就比較廣泛了，葉對比較多的人‘打招呼’了。”也就說，當毛澤東決定解決羅瑞卿時，羅瑞卿實際已經處於牆倒眾人推的境地。
1965年12月8日至15日，毛澤東突然在上海舉行中央政治局擴大會議，會前僅毛澤東、葉劍英、周恩來等極少數人知道會議主題是解決羅瑞卿的問題，羅瑞卿一到上海就被軟禁，並未出席會議。羅瑞卿被解除一切軍職，僅保留中央書記處書記、國務院副總理職務。
1966年3月、4月間，中央工作組在北京召開了揭發批鬥羅瑞卿的會議，會上通過了《關於羅瑞卿同志錯誤問題的報告》：“（羅瑞卿）敵視和反對毛澤東思想，誹謗和攻擊毛澤東同志……推行資產階級路線，反對毛主席軍事路線，擅自決定全軍大比武，反對突出政治……搞獨立王國……公開向黨伸手，逼迫林彪同志‘讓賢’、讓權，進行篡軍反黨的陰謀活動……妄圖奪取兵權，達到他篡軍反黨的罪惡目的”，是“‘打着紅旗造反’”的“埋藏在我們黨內的‘定時炸彈’”。羅瑞卿成為文革第一個祭品。
打倒羅瑞卿取得軍隊支持后，毛澤東又打倒了文宣系統抵制文革的彭真、陸定一，掌握了文宣系統與北京，進而在1966年5月將羅瑞卿、彭真、楊尚昆、陸定一打成反黨集團。至此，文革的專政工具與輿論動員已經完成，一切就緒只欠“五一六通知”。