面對綠營「轉型正義」政策，國軍軍校以堅持傳統、尊重歷史為由多次峻拒綠營包括修改校歌等要求，民進黨立委日前提案修改「軍事教育條例」第8條條文，要求現行各級軍校校長、副校長與教育長，改適用於規定各級一般文學校校長的「教育人員任用條例」，擔任三長除須有碩、博士資格，或有教授行政工作資歷，「曾任政務官兩年以上，並具有教授資格，成績優良者」，也可出任軍校三長職務。
對此，國民黨立委、立法院外交及國防委員會召委陳以信表示，民進黨團此舉大開巧門，明顯有試圖讓政治影響力進入軍中的政治動機，作法大開民主倒車，極不可取，若未擋下修法，恐後患無窮。軍方也透露，民進黨團此舉未曾先與國防部協商，表達反對立場。
民進黨立委劉世芳曾多次要求陸軍官校修改校歌，希望將「黨旗飛舞」改為「國旗飛舞」，但陸官召開校務會議予以否決。長年來軍人基礎教育的軍校，均由國防部派將領出任三長，掌握人事權，落實軍隊教育所需。
民進黨立委蔡適應等22位綠營立委近日在立法院提出法律修正案草案，內容表示，鑑於軍事教育條例中部分軍事學校得授予學位，實為台灣教育體系一環，儘管條例第8條賦予國防部聘用文職人員擔任校長、副校長、教育長法源，但國防部長期聘用軍職人員擔任，不僅未納入民間專業教育人士，許多人民背景更與民間學校有所落差，因此案增訂「軍事教育條例」第8條修正草案。
而目前辦理基礎教育的軍事學校，計有國防大學、國防醫學院、陸軍、海軍、空軍軍官學校、空軍航空技術學校、陸軍專科學校、中正國防幹部預學校等，各校校長、副校長與教育長均由軍職人員擔任，人員任職條件、任期及任免職、都由國防部訂之。如國防大學由上將出任校長，其餘各軍校校長由少將出任，教育長等職則為上校。
民進黨團提案修正的條文草案，是在原軍事教育條例第8條條文中，將軍事學校校長、副校長、教育長、政戰主任由國防部任免、並得聘職文職人員的條款，增改為「基礎教育學校校長、副校長、教育長應依教育人員任用條例規定辦理」。提案人除蔡適應外，劉世芳是排名首位的連署人。
「教育人員任用條例」是教育部用來規範民間各級學校校長資格，如大學校長任用資格，條例規定，除須有碩博士資格，或有教授行政工作資歷，「或曾任政務官兩年以上，並具有教授資格，成績優良者」，或須有並擔任教育行政職務一定年數等。
此案可望在19日程委會處理，順利的話可望22日立法院會付委，據了解軍方在此之前未獲徵詢，獲悉後表示反對。有將領說，軍事校院教育目標與民間學校完全不同，軍校是要培育負責軍隊領導任務的軍官為目標。所派任的校長、副校長、教育長都是由符合學、經歷的軍中將領選派，才能以實務部隊經歷推動軍校教育與紀律。而目前軍事學校校長、副校長及教育長的調職、任職作業，是依照「陸海空軍軍官士官任職條例暨其施行細則」辦理。
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