在外界一再揭露下，中國衛健委5月15日間接承認一段“公開的秘密”：在1月3日下令實驗室銷毀新冠病毒樣本，但當局辯解稱：這樣做是為了實驗室的生物安全。
應該說 ，北京當局是在輿論和國際社會尤其美國的逼壓下承認這一事實的。美國國務卿蓬佩奧日前指責中國一月份下令銷毀病毒樣本，並且拒絕和其他國家分享病毒毒株。中國衛健委15日被迫出麵反擊，衛健委科教司監察委員劉登峰在國務院新聞發布會上指責蓬佩奧斷章取義
劉登峰稱，中國在疫情發生後，立即進行了病原的平行鑒定，就是為了早日鑒定出病原體是什麽。他稱，“1月3日我們印發了相關文件，主要目的大家都明白就要防範實驗室生物安全風險，防範不明原因病原造成的次生災害”。他還說，中國法律對高致病性病原微生物樣本的保存、銷毀，實驗活動等都有明確的要求，實驗室條件不合乎保存條件的，應就地銷毀或移交專業的保藏機構保管。
為什麽中國衛健委遲至這麽晚才出來解釋？這仍然是一個謎語。如果僅僅是為了“安全”的理由，為什麽把這樣重要的信息一直隱藏到現在？
其實，遠在美國國務卿蓬佩奧發難之前，包括中國媒體在內，很早就開始披露中國當局下令銷毀病毒樣本一事。這一舉措被外界視為中國隱瞞疫情，致使武漢肺炎全球大流行的鐵證。
中國『財新網』2月就有報道，報道引述一名基因測序公司人士透露，1月1日，他接到湖北省衛健委電話，通知他武漢如有新冠肺炎的病例樣本送檢，不能再檢；已有的病毒樣本必須銷毀，不能對外透露樣本訊息，不能對外發布發布相關論文和相關數據，“如果你們以後檢測到了，一定要向我們匯報”。
該報道還指出，中國衛健委辦公廳1月3日發布『關於在重大突發傳染病防控工作中加強生物樣本資源及相關科研活動管理工作的通知』要求，各相關機構未經批準，不得擅自向其他機構和個人提供生物樣本及其相關信息。
4月20日，台灣『新新聞』取得一份紅頭文件影印本，指出中國國家衛健委辦公廳1月初曾下令相關機構“就地銷毀”病例樣本。
5月1日，澳大利亞『每日電訊報』披露美國、加拿大、英國、澳大利亞及新西蘭情報機構組成的“五眼聯盟”撰寫的一份報告，指中國衛健委下令銷毀新冠病毒樣本。
華夏新聞|時事與歷史：北京當局承認 確實曾下令銷毀新冠疫情病毒樣本